Как вариант могу предложить такое объяснение - при обработке рельефа растром станок переходит на новую строку лишь с одной стороны обрабатываемого поля, это может послужить причиной разных ускорений при движении с разных сторон.
Проскальзывание муфты могло приводить к пропуску нескольких шагов (мотор ускоряется, но в это время муфта проскальзывает, потом муфта "схватывает", а мотор из за резкого удара пропускает шаги).
При чем как я уже сказал, вероятность таких пропусков для каждой стороны будет своя, и, скорее всего в итоге приведет к такому смещению зоны обработки в виде параллелограмма.