Скорость уменьшал, в принципе не влияет (рывки стали только по оси Z, но  проблема осталась).
Пробовал увеличивать длительность импульсов - становится только хуже, а вот уменьшение помогает, выставил step pulse -3 и dir pulse -  тож 3 (производитель советовал 10 и 3 соответственно).
При выставлении только Step Low Active работает нормально без рывков, только ось Х инвертирована, НО при включении шпинделя стал срабатывать E-stop с интервалом в 10 секунд, и в простое и при выполнении УП.
С механикой вряд-ли , так как прогон по всем осям работает норм (при Step Low Active, а если поставить Dir Low - то рывками или вообще  заедает).

НО один нюанс, у меня станок подключен к ноутбуку через переходник LPT-ExpressCard.
P.S. Да, я знаю что все переходники только эмулируют LPT порт, потому вообще не надеялся что заработает, но факт - в принципе станок работает!
И большое спасибо за советы!